Hårt vatten innehåller höga koncentrationer av kalcium, magnesium och andra mineralsalter som vid upphettning och förångning kan bilda avlagringar på ytorna av den vattenkylda kondensorns värmeväxlare. Med tiden fungerar denna våg som en isolerande barriär mellan kylvattnet och kondensorns metallytor, vilket försämrar värmeväxlingseffektiviteten. När skalan tjocknar krävs mer energi för att uppnå samma kyleffekt, vilket leder till minskad systemeffektivitet, högre driftskostnader och ökat slitage på systemet. Avlagringar kan också leda till minskad flödeskapacitet i kondensorn, vilket resulterar i högre tryck och temperaturer. För att bekämpa dessa effekter använder många vattenkylda kondensorer vattenavhärdare som tar bort kalcium- och magnesiumjoner, eller använder anti-kalkningskemikalier för att hämma bildningen av beläggningar.

Vattenkvalitet med extrema pH-nivåer (antingen för sura eller för alkaliska) kan leda till korrosion av metallkomponenter i vattenkyld kondensor . Vatten med lågt pH (surt) kan orsaka oxidation av metallytor, vilket leder till rost och försvagar kondensorns strukturella integritet, medan högt pH (alkaliskt) vatten kan orsaka alkalisk korrosion, vilket bryter ned metallytor. Närvaron av klorider, som ofta finns i havsvatten eller industriellt kylvatten, kan påskynda gropkorrosion, vilket leder till lokal skada. För att förhindra korrosion bör vattnet behandlas för att bibehålla ett optimalt pH-område, vanligtvis mellan 7 och 8,5, vilket är idealiskt för att förhindra både sur och alkalisk korrosion. Korrosionsinhibitorer, såsom fosfater, zinkföreningar eller silikater, används ofta i samband med regelbundna vattentester för att säkerställa att vattenkvaliteten ligger inom tolererbara gränser.

Vattenkällor som innehåller sediment, smuts eller andra partiklar kan leda till igensättning och stopp i den vattenkylda kondensorns rör- och värmeväxlarsystem. Dessa fasta partiklar kan hindra vattenflödet, vilket minskar dess förmåga att transportera bort värme från kondensorn. Det minskade flödet ökar trycket inuti kondensorn och minskar dess totala kylningseffektivitet. Med tiden kan sedimentansamling leda till nötande slitage på interna komponenter, vilket ytterligare ökar underhållsbehoven och risken för fel. För att mildra dessa problem installeras vanligtvis filtreringssystem eller silar vid vatteninloppspunkterna för att fånga upp stora partiklar innan de kommer in i kondensorn. Dessa system är utformade för att ta bort sand, slam och andra suspenderade ämnen som kan skada de interna komponenterna eller minska prestandan.

Biofouling uppstår när mikroorganismer, såsom bakterier, alger och svampar, samlas på kondensorns värmeväxlingsytor. När de lämnas okontrollerade kan dessa mikroorganismer bilda en biofilm, som fungerar som ett isolerande skikt som avsevärt försämrar värmeöverföringen. Biofilmen främjar också korrosion och igensättning, vilket ytterligare minskar systemets effektivitet. Bioförorening är vanligare i system som använder ytvatten (floder, sjöar eller havsvatten) som har högre halter av organiskt material. Algtillväxt är särskilt problematisk eftersom det kan blockera vattenflödet och leda till ökad energiförbrukning eftersom systemet kompenserar för minskad värmeöverföringseffektivitet. För att bekämpa biopåväxt innehåller vattenreningssystemen ofta kemiska biocider (som klor, brom eller kopparbaserade föreningar) som dödar mikroorganismer innan de kan etablera en biofilm. Ultraviolett (UV) ljusbehandling är ett annat miljövänligt alternativ för att förhindra mikrobiell tillväxt.